Не получается удалить приложение из настроек.

Если в настройках, на странице vk.com/settings?act=apps нет крестика для удаления приложения — оно было создано Вами или Вас когда-то назначили в нём главным администратором. 
Просто удалить его из списка в настройках не получится. 

Если приложение Вам больше не нужно — Вы можете удалить его раздела «Разработчикам» vk.com/apps?act=manage: 
Нажмите напротив приложения «Редактировать» → «Настройки» → «Удалить приложение».